Alors que les États commencent à éliminer le verrouillage total aux États-Unis, il y a beaucoup de discussions sur la meilleure façon de le faire, minimisant les risques de résurgence des cas de COVID-19. Presque tous les experts interrogés sur ce sujet se concentrent sur les tests – nous devons faire beaucoup de tests afin de suivre les personnes atteintes de la maladie, de retrouver leurs contacts et de les isoler. À la base, l'idée est simple – au lieu d'isoler tout le monde, nous isolons ceux qui ont le virus, mais pour ce faire, nous devons savoir qui l'a et qui ne l'a pas. Les symptômes sont un guide, mais vous pouvez avoir le virus et le transmettre sans afficher de symptômes. Par conséquent, les tests sont essentiels. Certains experts estiment que nous devrons effectuer des millions de tests par jour pour ouvrir en toute sécurité.

Quel est l'état de notre technologie de test et quelle est sa fiabilité? Il y a beaucoup de travail dans ce domaine, c'est donc une cible qui évolue rapidement, mais certains examens récents aident à mettre les choses en perspective. Tout d'abord quelques informations sur la technologie. Souvent, les médias parlent de la «précision» des tests, mais ce n'est pas un moyen technique d'évaluer les tests. Pour cela, nous devons comprendre la sensibilité et la spécificité.

Sensibilité, spécificité et valeur prédictive

La sensibilité est le pourcentage d'individus avec la condition testée pour lesquels le test est positif, le taux dit vrai positif. Donc, si un test est sensible à 90% (généralement écrit comme 0,90), il reviendra positif chez 90% des personnes qui ont la condition. La spécificité est le pourcentage de personnes qui ne souffrent pas de la condition qui testent négatif, le taux vraiment négatif. Un test qui est spécifique à 90% sera négatif 90% du temps chez les personnes qui n'ont pas la condition, et aura un taux de faux positifs de 10%.

La sensibilité et la spécificité, cependant, ne vous mènent qu'à mi-chemin où vous devez aller. Ce que vous voulez vraiment savoir, c'est la valeur prédictive d'un test – si un test est positif, quelle est la probabilité de contracter la maladie, ou s'il est négatif que vous ne l'avez pas? Pour le savoir, vous devez non seulement connaître la sensibilité et la spécificité, mais également connaître le taux de base de la maladie dans la population testée. Plus il y aura de personnes atteintes de la maladie, plus vous obtiendrez de faux négatifs par rapport aux vrais négatifs, et moins il y aura de personnes atteintes, plus il y aura de faux positifs par rapport aux vrais positifs. Cela est important lorsque nous envisageons de ne tester que les personnes qui sont symptomatiques, par rapport au test de la population générale.

Soit dit en passant, je l'utilise souvent comme analogie avec la médecine scientifique elle-même. Afin d'interpréter une valeur de p d'une étude, vous devez connaître la probabilité antérieure de l'hypothèse. Même avec une faible valeur p, si l'hypothèse testée est hautement improbable (comme l'homéopathie), il est encore plus probable que l'étude soit un faux positif.

Tests disponibles

Tests ADN / ARN pour les infections actives

Le test actuel le plus largement utilisé pour l'infection active par le virus du SRAS-CoV2 qui cause COVID-19 est un test PCR pour l'ARN viral. La PCR est une réaction en chaîne par polymérase, une méthode d'amplification d'un tout petit morceau d'ARN ou d'ADN en une grande quantité qui peut ensuite être détectée. Un test déterminera un segment d'ARN spécifique au SARS-CoV2. Un faux positif peut se produire si le sujet a d'autres virus avec chevauchement dans la séquence d'ARN qui déclenche un test positif. De plus, la PCR est si puissante qu'elle peut amplifier un tout petit peu d'ARN viral qui est un contaminant à n'importe quel stade du processus, et non du sujet testé.

Au début, on pensait que si vous avez de l'ARN viral dans votre corps, vous êtes infecté par le virus, et cela est encore largement vrai. Cependant, certains patients débarrassés du virus se sont révélés positifs avec un test d'ARN par PCR. Cela a suscité une certaine inquiétude quant à leur réinfection. Cependant, il semble que ces sujets se soient révélés positifs car ils contenaient encore des morceaux de virus mort de l'infection antérieure.

Quelle est la qualité des tests PCR actuellement disponibles pour le virus actif? Une revue récente conclut que la qualité des différents tests est très variable et que les protocoles et la qualité des tests doivent être améliorés et standardisés. Il y a trop de tests différents à examiner ici, je vais donc mentionner quelques-uns des plus courants.

Le test PCR le plus couramment utilisé rétrospectivement s'est révélé avoir une sensibilité de 0,777 et une spécificité de 0,988. C'est une grande spécificité, ce qui signifie que si vous testez positif, vous avez probablement le virus – mais encore une fois, selon la probabilité antérieure. Si vous êtes symptomatique lors d'une pandémie ou avez été exposé à quelqu'un, alors oui, vous l'avez probablement. La sensibilité est cependant une préoccupation – environ 23% des personnes atteintes du virus seront manquées par le test.

Il s'agit cependant d'un test très utile. L'une des raisons d'un faux négatif pourrait être qu'il a été fait trop tôt et que le virus était en dessous des niveaux détectables. Vous pouvez donc améliorer la valeur prédictive du test en le répétant, par conséquent.

L'un des tests émergents qui promet d'être peut-être encore meilleur que la PCR est un test basé sur CRISPR. Ils revendiquent une spécificité de 100%, mais aussi une sensibilité de 97%. Nous devrons voir si ces chiffres se maintiennent dans des tests indépendants.

Il existe d'autres caractéristiques importantes d'un test de dépistage s'il doit être utilisé par des millions de sujets – coût, temps et ressources nécessaires. Les tests actuels peuvent prendre des jours s'ils doivent être envoyés à un laboratoire et nécessitent un équipement de test et des professionnels qualifiés pour être administrés. CRISPR et d'autres tests en cours de développement promettaient d'être plus rapides, disponibles en quelques minutes et plus faciles à administrer, voire même auto-administrés. Encore une fois, nous verrons, mais cela semble prometteur.

Tests d'anticorps pour les infections passées

Un type de test entièrement différent est le test sérologique qui recherche non pas la présence du virus mais la présence d'anticorps dirigés contre le virus. Cela indiquerait non pas nécessairement une infection active, mais une infection passée (au moins assez longue pour avoir formé des anticorps et aussi longtemps que les anticorps persistent). Ces tests ne serviraient pas à dépister les gens pour voir s'ils ont du COVID-19 et doivent être isolés, mais pour voir s'ils avaient du COVID-19 (même de manière asymptomatique) dans le passé et ont maintenant des anticorps contre le virus.

Ceci est utile surtout si ces anticorps confèrent une résistance, voire une immunité, à la réinfection. À l'heure actuelle, il s'agit en quelque sorte d'une question ouverte. Si les anticorps s'avèrent protecteurs, alors les tests d'anticorps pourraient être utilisés pour fournir des «passeports d'anticorps» – une indication de l'immunité qui libérera les gens du verrouillage.

Il y a deux manifestations de l'immunité qui doivent être étudiées. La première est de savoir si la présence d'anticorps protège l'individu contre l'infection en empêchant le virus de prendre pied. La seconde est de savoir si les anticorps protégeront ou non une personne contre la maladie, même si elle contracte le virus. Et la troisième considération est de savoir si les anticorps réduiront suffisamment le virus pour qu'il ne soit pas transmis à d'autres. Ces trois éléments sont importants et auront une incidence sur les recommandations concernant l'approche du «passeport».

Voici une bonne revue des tests d'anticorps actuellement disponibles. L'essentiel, c'est qu'il y a beaucoup de variabilité, et nous avons besoin de plus de données. Nous avons spécifiquement besoin de plus de données sur la protection des anticorps testés.

Conclusion: les tests SARS-CoV-2 sont une cible mouvante

Compte tenu de toute l'incertitude, les tests actuellement disponibles pour le SRAS-CoV-2 sont utiles, sinon parfaits, et s'améliorent. Les tests sont développés et testés rapidement au milieu de la pandémie, et nous ne savons pas autant que nous le souhaiterions, mais la situation s'améliore régulièrement. Même les tests imparfaits actuellement disponibles sont incroyablement utiles pour guider le traitement et le comportement afin de limiter la propagation du virus.



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